Spanje, 1944, einde burgeroorlog. Carmen is onlangs hertrouwd met de koude en autoritaire man Vidal, een kapitein in Franco's leger. Ze trekt met haar dochtertje Ofélia in bij haar nieuwe man, maar het jonge meisje heeft moeite met dit nieuwe leven. Ze zoekt afleiding in het mysterieuze labyrint, dat zich net naast het nieuwe huis bevindt. Pan, de bewaker van het labyrint, vertelt haar dat ze niemand minder is dan de verloren prinses van het magische koninkrijk. Om de waarheid te achterhalen, moet Ofélia drie gevaarlijke opdrachten vervullen…