Mahito, een jongen die de dood van zijn moeder probeert te verwerken, stapt in een wereld die bewoond wordt door zowel de levenden als de doden. In deze wereld vervaagt de dood en herrijst het leven in een nieuwe gedaante.
Het semi-autobiografische fantasierijke epos The Boy and the Heron is Hayao Miyazaki’s eerste film sinds het Oscargenomineerde The Wind Rises en is opnieuw een autobiografisch geïnspireerd eerbetoon aan vriendschap.